Muzaffer Çakar, 23 Mart 1965'te Malazgirt'te doğdu. Babasının adı Cemal, annesinin adı Ayşe'dir.
Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen ve Edebiyat Fakültesi Kimya Bölümünü bitirdi. Yüksek lisansını Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsünde, doktorasını Atatürk Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Kimya Bölümünde yaptı.
Kimya öğretmeni olarak göreve başladı. Daha sonra Kahramanmaraş Sütçü İmam ve Atatürk Üniversitelerinde araştırma görevlisi olarak çalıştı. Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesinde yardımcı doçent, doçent oldu ve yöneticilik görevlerinde bulundu. 21'i uluslararası olmak üzere toplam 31 bilimsel yayını bulunmaktadır. 19 kez TÜBİTAK Bilimsel Yayın Teşvik Ödülü aldı.
Necmettin Erbakan Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Temel Bilimler Bölümü Temel Bilimler Anabilim Dalı Öğretim Üyesi Çakar, Rektör Danışmanı olarak görev yapmaktadır.
Çok iyi düzeyde İngilizce bilen Çakar, evli ve 5 çocuk babasıdır.